深圳市足球俱乐部1994年1月26日成立,当年便以乙级联赛冠军身份打入甲B,随后在1995年的甲B联赛中又获得冠军并冲上甲A。
2004年,深圳队获得首届中超联赛冠军。2005年,深圳队晋级亚洲冠军联赛四强。2011赛季,深圳队从中超降入中甲。2018赛季,深圳队在西班牙籍教练卡罗的带领下重返中超。
2019赛季,深圳队再次在中超联赛降级,但随后球队又以递补身份参加了2020赛季中超联赛。2022赛季,深圳队在中超联赛保级成功。
在俱乐部历史上,深圳队共夺得中超、甲B、中乙联赛冠军各一次。
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